Hjortedyr
Du kan møte alle dei fire hjortedyra i Jotunheimen. Streifdyr av elg kan ein sjå høgt til fjells om sommaren. Hjorten lever i skogsområda inn mot Jotunheimen, og kan trekka opp i høgfjellet sommarstid. Dei seinare åra har det etablert seg ein bestand på sørsida av Gjende. Rådyr finst sporadisk i utkanten av verneområdet.
Reinen er god på å nytta seg av plantelivet i høgfjellet, og er den einaste som kan nytte næringsemna i lav, som sikrar overlevinga gjennom vinteren. Reinen vi i dag møter aust i Jotunheimen, er tamrein. Villreinen i Jotunheimen finst i Hurrungane og vidare vest for nasjonalparken. Jotunheimen har i lange tider vore leveområde for rein og det har vore drive mykje reinsjakt og fangst i desse ville fjellområda.
Rovdyr
Av dei fire store rovdyraer jerven den du oftast kan møte eller sjå spor etter i Jotunheimen. Smidig og sterk jerven rundt i fjella som jeger og åtseletar. Han er ein einstøing med svært store leveområde.
Gaupa er aktiv om natta og jaktar helst i skogen. Ho er svært sky og ikkje lett å få auge på. Gaupa er nok meir vanleg i skogtraktene utanfor Jotunheimen, men av og til dukkar det opp gaupespor i Jotunheimen og Utladalen.
Dei to andre store rovdyra, ulv og bjørn, var talrike i tidlegare tider.
Det er faste bestandar av dei små rovdyra mår, mink, raudrev, røyskatt og snømus. Raudreven har i stor grad teke over for den svært sjeldne fjellreven. Meisterfiskaren mink er ein innført art i norsk natur, og han forsyner seg gjerne av fiskefangsten om du ikkje følgjer med.
Lemen
Den vesle krabaten har vore her like lenge som rein, jerv og fjellrev. År om anna oppstår det lemenår. I lemenår er det lemen overalt i fjellet. Det betyr at andre byttedyr i fjellet nærast får eit friår. Det finst òg mange andre smågnagarar i nasjonalparken, som mellom anna markmus, fjellrotte, og klatremus. Noko som er særprega for fjelløkosystemet er dei sykliske svingingane i smågnagarbestanden. Dei små pattedyra utgjer ein vesentleg del av næringa til mange dyre- og fuglearter høgare oppe i næringskjeda. Desse svingingane påverkar bestanden for mange av artane i fjelløkosystemet. Store bestandar av smågnagarar gjev gode kår og meir føde for rovdyr og rovfuglar. I slike år slepp rypa lettare unna, og får fram fleire ungar i kolet. Slik kan rypebestanden auka etter gode smågnagarår, og like eins minka etter år med låge bestandar av smågnagarar.
Fjellaure, laks og sjøaure
Særleg i dei austlege delane av nasjonalparken ligg det mange fiskevatn. Auren er einerådande som fiskeart her. I fjellvatna som ligg høgt over havet er ein avhengig av setjefisk for å ha ein fiskebestand. I desse vatna veks fisken seint på grunn av den korte vekstsesongen, men han kan likevel bli både feit og fin.
I Utladalen går laks og sjøaure opp elva Utla til Avdalsfossen. Lenger oppe i elva finst fjellaure som slepper seg nedover elva.
Fiskekort får ein kjøpt på inatur.no og på ulike turistkontor og turisthytter.